另外就是卫所糜烂，如今卫所早已无当年太祖、成祖时期的战斗力，军户更是沦为卫所军官的奴隶，且每年逃亡军户数以万计，根本不能打仗，朝廷只能招募大量营兵参与作战。”
卫所制度在明朝初期发挥过积极的作用，而到后来这一制度逐渐崩坏。其原因有二。
第一，社会地位低。军户的管理非常严格，除籍也很难，要皇帝的赦免才行，比如张居正就是军籍，但是大多数人这辈子都没有机会，这样世世代代的军籍对于这些人来说是一场灾难，普通的百姓根本不愿意嫁女儿到军籍的家庭，他们的妻子丈夫也只能来自于军籍，这种生活上的困破和别人的歧视导致军户们根本没有斗志去保卫国家，不仅自己要当兵自己的后代也要当兵，永远没有出路。
根据万历年间的西方传教士利玛窦在《16世纪的中国》中写道：在这个国家中，也许没有哪个阶层比这些士兵更为卑贱和懒散，平时，他们抬轿、喂马，像奴仆一样受人役使。
它们不仅生活困苦而且还比别人低一等怎么会有奋勇杀敌的斗志呢？
第二，经济困难，生活水平低下。卫所依靠的是屯田制度，没有屯田国家是养不起那么多兵士的，比如洪武末年全国军在一百二十万，永乐后期大概是两百八十万，发饷银是不可能的，国家根本没有那么多钱，所以只能依靠屯田制度，但是屯田有个问题就是这些卫所兵渐渐地成了军官的佃农或者奴隶，长官强取豪夺普通军户的土地。
例如正统四年尚书王骥奏：“贵州卫所良田皆为官豪所占，贫穷军士无寸地可耕”，因为长期不打仗和营养不良也没人训练了，这样的军户根本没有战斗力，他们只是没有受过训练而且长期吃不饱的农民。
因为上述的这两点原因，导致越往后期逃亡的数量越来越多。到了嘉靖万历年间大部分卫所实际人数其实只有在籍人数百分之三十左右，逃亡的军户达到百万人，嘉靖八年仅有兵士79万，与成祖时期的两百多万已经相去甚远，卫所制度这时基本上就宣告破产了。
“不错，有见地。孙卿对京营又有何看法？”朱由校点点头然后继续询问。
“至于京营，据臣所知，里面都是一些接受祖上庇荫，吃空饷之辈，且多年未经战争，战力堪忧。”说到这里，孙传庭面露一丝忧虑，叹了口气。
“孙卿所言甚是，朕欲整顿京营，重振当年洪武、永乐盛况，不知孙卿是否愿意替朕将已经腐败、孱弱的京营打造成一支强军？”
一听皇帝要重用自己，面对这面前天大的机会，孙传庭当即跪下行礼，说道：“愿为陛下，为我大明尽全力，以报陛下知遇之恩。”
“好，卿且起来，朕任命卿为钦差大臣，赐你尚方剑，负责整顿京营，肃清不良风气，给朕打造一支远胜于洪武、永乐年间的京营。”朱由校高兴地用双手扶起孙传庭。
“臣一定替陛下打造一支强军。”孙传庭说着就激动的流出来。
孙传庭退出宫后，过了一会儿，王承恩过来，说道：“陛下，少詹事兼河南道御史徐光启大人已到。”
“传！”
一个高高瘦瘦的老年人在太监的引领下走进了乾清宫，朱由校坐在龙椅上打量此人，气宇轩昂，下颚蓄着一绺长长的胡子，不愧是明末著名的科学家，以前朱由校只在书本上了解过他，而现在能够亲眼看到真人。