那遗书开头的称呼写的是“吾之爱女云娇，雨娇”，后面通篇就是一个长长的夹杂着阴谋爱情，异族屠杀的故事。
故事围绕黄氏一家人的命运展开，主人公就是黄云娇与黄雨娇的生母黄芸儿。芸儿是家中幺女，除了一个哥哥炜仁，别无兄弟姊妹。黄家世居山西大同，世代读书应举兼经商为业。近支宗亲中，也出过几个州府县官。到了芸儿父亲这一代，不再应举，专于经商。开起了货栈，主营粮米土产，举家从城中迁到了临近草原的小镇，便于跟牧民们交易。芸儿虽与其兄炜仁一样，幼时都受到了良好的教育，却生性顽劣，常偷了货栈中的马骑了去草原上游荡，就此结识了放牧青年阿如汗。
这阿如汗姓博尔济吉特氏，乃是蒙元开创者成吉思汗的旁系后裔，其先祖因战功卓著，在蒙元一朝世袭王爵，受尽优遇。但朝代更迭，世事沧桑，到阿如汗父亲这一代，虽还有个台吉名号，家业却早已败落殆尽，阖家老少与人佣工为生。阿如汗自十一二岁起，便离开家乡到乌兰察布草原上为富人农场主放牧。
黄芸儿与阿如汗相爱，因有蒙汉不能通婚的禁律在，阿如汗只能化名为江乔，以一个汉人身份，暂居黄家，与芸儿结为夫妇。两人先后生育两女，取名为云娇、雨娇，乃是根据夫妇二人名字的拆合而得。
三年后，阿如汗因人品端重相貌英武精于骑射被其远房堂叔科尔沁扎萨克郡王收为嗣子，因郡王之妻是当朝道光皇帝的亲姊庄敬公主，阿如汗一跃成为名副其实的皇亲贵胄。他受诏命告别妻女，回返科尔沁认父。两个月后，传来其改名为僧格林沁，承袭郡王爵位并娶满蒙勋戚之女为妻的消息。在闺中苦等夫君归来的黄芸儿闻讯，精神大受打击，自此便得了癔症。
其后不断有化妆为客商的郡王密使找上门来，勒令黄家速速搬走。黄炜仁为避祸，只得关了货栈，携老父妻儿妹妹及两个年幼的外甥女，带了金银细软并家中藏书去到太原治下一个小镇，投靠妻子徐氏的娘家落脚。徐氏的父亲是一名专研孔孟的老儒生，在当地颇有名望，推荐黄炜仁去到邻村开馆训蒙。一家人遂搬去邻村，隐姓埋名度日。其间，黄芸儿因忧愤过度抑郁成疾，病殁。
两年后的中秋节前夜，徐父所居的朱华村突遭屠戮，村中一百八十七口人全部被杀。其中包括徐氏父母兄弟在内的徐氏全族，还有黄炜仁十岁的儿子和八岁的女儿，他们因去陪外祖父过节，也惨遭毒手。有传言说，是一队蒙古骑兵趁夜色闯入村中大开杀戒。黄父受惊之下，突发恶疾身亡。黄炜仁悲愤难当，惊惧万状，埋葬了老父，继续携家人南逃。
辗转了两年，搬迁了十几次，才在广西武宣县的大冲村定居下来。徐氏因悲恸过度，伤了身子无法再生育。黄炜仁就把两个外甥女当做亲生女儿教养，却从不曾在她们面前提起往事。因此，云娇姐妹也只以黄炜仁夫妻为父母。只是徐氏一旦忆起父母儿女之死，便会牵怨于云娇姐妹身上，使她们又畏又怕，幸有黄炜仁时时宽慰，她亦算是颇尽为母之责。
阿如汗回科尔沁时，留下了两件家传信物——狼图腾宝刀和碧玉莲纹扳指。黄炜仁虽深恨他弃其妹，屠其儿女亲眷，但并未把这两件东西毁掉，将扳指用红丝线栓了，给云娇挂在颈上，那把蒙古刀则自己贴身收着。
云娇姐妹长到五六岁时，身上便开始显露出其父母的影子，长相俊美但性子顽拗。黄炜仁教二人读书写字学文，以纠其性，但二人顽性太过，常借机偷溜出门，与邻家男孩上树抓鸟下河摸鱼，黄炜仁又气又恨，常用戒尺责罚。
在云娇八岁那年，黄炜仁生了场大病，自知时日无多，为她们母女三个的日后生活计虑，拖着病体到县里的银号将当初典当客栈所得的一千两银票全部兑换了成了散碎银子，交给徐氏保管，并再三嘱她务要将妹妹的两个遗孤抚养成人。并在离世的前几日，就病榻之上，给云娇姐妹写下了这份遗书。