一场改革的兴起，必将源于思想的变迁和整合。而正是在一次次的军事交锋和政治角逐中，吴起逐渐形成了自己独特而深邃的军事理论。
《汉书·艺文志》一书中就集中著录了《吴起》48篇，可惜后来佚失，流传至今还剩下《吴子》6篇，即《图国》、《治兵》、《论将》、《料敌》、《变化》、《励士》，这应该是后人借着吴起的名声而作。当然，其中也继承了吴起大量的谋略和思想，吴起注重国家军事力量的加强，同时还争取国家和军队集团内部的协调与统一，一旦国家出现“四不和”，就只能止戈息武。换一个角度说，就是强调一个国家内部要“和”才可以出兵打仗；打仗之前军队内部要“和”才可以出征；出征列阵，每一个环节都要“和”才可以进战；具体到战场之上，军队作战相“和”才可以获胜。也就是通常所说的：“内修文德，外治武备”。
在《吴子兵法》的《国图篇》中也提到，对于士兵而言，如果知道君王能够爱其命、惜其死的话，即使碰到危难，将士也会以进死为荣，以退生为辱。如此，便能够上下一心、众志成城。
孙武在《孙子兵法》中早就提出了“知己知彼，百战不殆”的思想，被后人引为军事上的不朽概论。吴起在其军事思想中，也继承了孙武的思想，并在《料敌》篇中提出，了解和分析敌情，对整个战场敌我双方的优劣进行评估，具有十分重要的战略意义。
在《应变》篇中，吴起根据战场局势千变万化，随时根据实际调整战略部署的思想，论证了如何应对仓促迎敌，敌众我寡、敌人断我后路、敌人凭借险要殊死顽抗甚至是四面楚歌等战场情况。
此时的魏国，虽然表面看起来无比的强大，但是在军士的战力和勇力上，比之秦国的老弱残兵尚且有所不如。运筹帷幄之中、决胜千里之外，在吴起的眼中，不过是一句大话、空话。面对战场局势的千变万化，再完美的计划也赶不上变化，一支军队要在战争中取得胜利，完全依靠数量是不行的。相比于数量，其质量更为可贵。一支战无不胜攻无不克的军队，必要有优秀的将领和卓越的士卒，二者相辅相成，严格赏罚和训练，统一号令。
于是，训练魏武卒的思想，便在吴起的心中产生。
吴起认为，要让一个士兵安心地离开家园、离开父母、离开妻子儿女，就必须要免除其后顾之忧，使鳏、寡、孤、独、废、疾者皆有所养、有所依、有所仗，更要让军士齐心、奋勇杀敌。所以，吴起将魏军帐下的士卒家中的徭役赋税等全部免除，严格标准以选拔魏武卒。
正如一匹劣马无论多么拼死劳力，也不可能日行千里一样，一支素质不合格的军队，无论其士卒多么肯拼命，也无法达到战略目的。所以吴起开始挑选兵士，他要打造一支转战天下而不败的铁军。要想入得吴起的法眼，一个士兵的体力必须
过硬，他必须在半日内跑完整整一百里。如果轻装上路，也许很多人都能进入吴起的军队。难就难在参加考试的人必须身着全身铠甲，另外还要背负十二石的弩弓、50支箭，还要手上持戈、腰上挎剑，携带三日口粮！即使在营养丰富、训练技术已有很大提高的今天，一个士兵要达成这样的任务也不容易，可以想见吴起的标准是多么高，又可见他心中对这支未来的铁军抱着多大的希望。
在如此苛刻的条件下，吴起还是挑选出了一些人。吴起当众宣布：“从今日起，你们家里的徭役和田宅租税全部免了！”欢声雷动。但他们也做好了吃苦的准备，因为吴起对他们的要求只会更严格，他们执行的任务也只会更危险。千锤百炼，这支队伍终于可以上战场初试啼声了——这就是战国初期名震列国的魏武卒。
吴起带兵，不辞辛劳，放着可口的美味不吃，空着华丽的帐篷不睡，而是与贫苦的士卒同吃同住。行军时，他留着车马不乘不骑，而他自己的粮食也像普通士兵那样亲身背在身后，兵士们看了，都觉这位将军与别个不同，他是“自己人”。但是，仔细想想就知道，这个杀了自己的妻子来换取为将带兵之权的人，他心中不可能有这么多的温情，所以这都是吴起收买人心的手段。这些手段都见效了。有一次，一个士兵身上长了疮，吴起张开嘴巴，亲自为这位兵士吸脓，清理溃烂的伤口。这个兵士当时感动得热泪直流，而周围看着的兵士也都愿意为吴起以死效力。