洪承畴在和赵涛分手后，马上就带着部队西进潼关，在陕西西部不停的追缴高迎祥，而高迎祥也是自知不敌一路逃跑。
从陕西西部的庆阳，一路向南逃到陈仓，然后再越过秦岭到达汉中，远远的把洪承畴给甩在关中平原。
流寇们又活跃起来还一路东进冲到河南，攻打了几个县城后部队有吹气球一样膨胀起来。吃时的流寇还胆子大了，一度打到洛阳城外！
可是把城里的福王一家吓坏了，告急文书接连不断的往京城送。
崇祯和内阁也担心福王的安危，再次下旨洪承畴堵住潼关，湖北巡抚卢象升为，堵住流寇南逃湖北的路径。
另外指派延绥巡抚陈奇瑜为剿匪总督，一并统筹中原剿匪事宜。
一开始几个月陈奇瑜和卢象升配合还打的挺好的，流寇节节败退向西。
此时流寇中实力最强的乃自称闯王的高迎祥部，李自成携侄子李过；部将白广恩；李双喜；俞彬；高杰，以及谋士顾君恩等投靠在高迎祥手下。
其中李过高杰很善战，顾君恩善于谋划，李自成的小部队很快就壮大起来，成了高迎祥手下最能打的一部。
李自成还和高迎祥提建议，老是往陕西逃跑而已不是个事。那里本就贫瘠，又被他们来回扫荡了好几次，哪里还有可以食用的。“再向西实不可取！”
“那该怎么办？”高迎祥也想打个大胜仗回复下士气。
一干其他流寇更是想要打个胜仗获得些补给，不然部队手快要断炊了！
李自成建议还是个过去一样，为难之际大家合伙同舟共济，合伙对付官军。
他的意思是让几股流寇继续带着部队向西走，以吸引官军注意，而闯王高迎祥部则暂时躲起来，等到官军越过后部队直接向东，去攻击明廷的祖坟！
“这样绝对能将官军调动出来！”
挖皇帝的祖坟，这可是个绝妙好主意，一干匪首们各个喜笑颜开，一致决定促成这桩大好事！
作为东进主力的高迎祥部从荥阳一路南下，攻下颍州，杀知州尹梦鳌州判赵士宽，再向东克寿州。
最后直下凤阳皇陵，焚凤阳皇陵门阙，驱散守陵太监，斩守陵署朱国相。
南京震动，惶惶不可终日！
而且流寇还摆出一副要进攻山东的架势，这让山东巡抚朱大典也非常紧张的不敢动了，他作为山东巡抚有保卫山东的重任！
李自成的恶行传到京城，崇祯挨上大哭，换上一身孝袍去太庙痛哭请罪，他还在祖宗面前发誓一定要将闯贼这帮鸟人狠狠报复，
恼羞成怒的崇祯还下旨逮捕驻守凤阳的漕运使杨一鹏，判腰斩弃市。
此外崇祯还严令剿总督师陈奇瑜必须要紧盯着祸害之首高迎祥部，务必要将其拿下，就是死尸也要，
他要在太庙祭祖！
自家的祖坟被挖了，崇祯也要反治之！
崇祯皇帝还密令陕西总督汪乔年，派遣米脂县县令边大绶；带人将李自成的祖父和父亲的坟墓全部挖开。
并且在墓地原址挖了一个大坑，将尸体“聚火烧化”，
并把周围“大小树木一千三百余棵悉数斫伐”，以求全部断绝李自成的风水和龙脉。
诏朱大典总督漕运兼巡抚庐、凤、淮、扬四府。以在山东时所募健卒千人、马千五百匹为亲军自随，驻凤阳。
史可法迁升为右参议，负责镇守池州、太平两地。