吕布应允。
士孙瑞道，“现京城除了董卓心腹李儒外，还有董卓之弟董旻和其侄董璜还掌管着御林军大权，我们欲杀董卓，应先将董旻父子除掉。”
吕布道，“这好办，待董卓来的那天，我设宴请他们三人来，尽杀之。”
王允道，“好，我现在就去请皇上下道诏书，让李肃带去。”
几个人商量一定便分头行动。
吕布来到李肃处，告以详情，李肃大喜，道，“我早就想杀老贼久矣，我愿意不郿坞传诏。”
吕布道，“此事紧要，万不可走漏，请将军盟誓。”
李肃取过一箭，当面折断，正色道，“我若走漏消息，当如此箭！”
次日凌晨，李肃得到皇上传董卓回京禅让的诏书飞马奔向郿坞，到了郿坞，传以皇上诏书，董卓大喜，便辞别老母及貂蝉欲前往长安。
貂蝉暗喜，道，“恭喜丞相，祝贺丞相得承大统。”
董卓喜道，“我即位皇上，爱姬当为皇后。”
貂蝉道，“那丞相还不快快回京。”
老母却道，“我近日心惊肉颤，是不是有不吉之事？”
貂蝉道，“丞相将做皇上，岂有不惊动老母之兆。”
董卓称是，即刻辞别老母与貂蝉，传令李傕、郭汜守雍州，张济、樊稠守郿坞，分遣已定，这才率铁骑兵三千，赶往长安。
行不到三十里，所乘之车，忽折一轮，又行不到十里，那马咆哮嘶鸣，董卓忙问李肃，李肃道，“此乃太师应兆汉禅，弃旧换新，将乘玉辇金鞍是也。”
于是董卓不疑。
一行人连夜赶路，至长安境时，早有探马报于吕布，吕布便设宴请来李儒和董旻父子，正饮酒间，吕布拔剑在手，将他们三人斩之，尽收禁军之权。
董卓至长安，入朝，群臣都拜谒于道旁，吕布骑马持戟出迎，到北掖门，董卓所带甲士都被挡在门外，独有御车者二十余人进内。
董卓见王允等人都于殿内台阶之上，喜出望外，随即脸色惊变。
他见王允等人忽然拔剑在手，目露凶光，董卓大惊，忙喊吕布，“奉先何在！奉先何在！”
吕布飞马而至，大叫，“吕布来也，奉诏讨贼！”
说罢，长戟已贯穿董卓身躯，然后吕布将董卓挑起，抛在地上，李肃赶来，割了首级。
吕布令兵士开门冲那三千铁甲士兵大叫道，“董卓叛逆，已被诛杀，余者无罪，立刻交械投降！”
那三千铁甲兵纷纷交械归降。
董卓已诛，群臣及百姓皆都欢呼，汉献帝也露出喜悦之色。
王允便令将董卓尸体号令游街，入夜，看守尸身的兵士以火置于董卓的腹中为灯，膏流满地。百姓过来，莫不掷其头、跺其尸身。
王允又令吕布连夜同皇
甫嵩、李肃带五万兵马赶往郿坞，去抄董卓家产、人口。
守郿坞的张济、樊稠听闻董卓已死，吕布率五万大军将至，便撇下董卓家小奔雍州投李催、郭汜去了。
吕布至郿坞，先去取貂蝉，皇甫嵩与李肃尽数将董卓家小杀尽，收郿坞中所蓄，黄金数十万，白银数百万，倚罗、珠宝、器皿、粮食不计其数。回报王允，王允大犒军士，设宴于都堂，召集百官，酌酒庆贺！席间，王允坐首席，吕布与黄琬次之，皆下都是群臣百官，士孙瑞虽是此次铲除董卓的主谋之一，但今天王允却安排他与群臣坐在一起，开席之际，王允起身举爵道高昂地道，“董卓逆贼，弑君害民、残暴无比，今由我与司隶校尉黄琬与中郎将吕布共同铲除此逆贼，可谓是普天下之喜，今我已将此事奏明皇上，皇上欣喜，特加封黄琬为关内侯，吕布为奋威将军、温侯、假节，逆贼已铲除，天下方平，来来来，诸位臣工，为了庆祝今天的胜利，大家要尽情欢饮，来，请。”说吧王允先干一杯。
士孙瑞在堂下坐席间听王允并没有表自己的功劳，十分不悦，知道王允将自己的功劳都占为己有却不敢直言，只闷闷地喝酒，但是谁也没有料到，在后来李傕、郭氾率军打进长安后士孙瑞却因此躲过了一劫。
正饮酒间，忽然群臣之中有一人拂面痛哭，群臣震惊，侧目见是侍中蔡邕，王允大怒，喝问道，“蔡邕！世人皆因董卓而死而欢呼，你为何独自哭也！”
蔡邕道，“我哭董卓不是因为他的死，而是想起董卓生前对我的知遇之恩，不觉辛酸流泪，望公见谅。”
王允怒斥道，“董卓与你有知遇之恩，想必你们也是同流合污！你身为侍中标记史册，却不分忠奸，如今国运微衰，朝政错乱，不可再令你持笔史册，来人，将蔡邕推出去斩首！”众官皆为之求情，王允不允，遂斩蔡邕。
董卓一死，王允与吕布共掌朝政，为了稳固自己的势力，王允便任命同郡人宋翼为左冯翊、王宏为右扶风，管控三辅之地。三辅之地当时兵多粮广，是守卫长安的门户，地理位置非常重要，王允将三辅之地的官员都换成了自己人，便感觉到在长安高枕无忧了，这才开始清算董卓余党。董卓自挟天子到长安后，令手下大将段煨屯兵华阴，徐荣、胡珍屯兵新丰（今陕西临潼东北），女婿牛辅屯兵陕西，李傕、郭氾屯兵雍州，他们的兵马都非常强盛，吕布主张将他们一一消灭，但王允却没有同意，王允下令只赦免段煨、徐荣、胡珍之罪，却不赦免牛辅、李催、郭汜、张济、樊稠五人，消息传到雍州，五人大惊，使人到长安上表求赦，王允不允，使者回报李催，李催道，“求赦不能，我等不如就此散去，各自逃命。”
谋士贾诩道，“将军，若将军各自独身逃亡，在关隘处被一亭长便可捉住，将军倒不如召集雍凉兵马十几万，杀奔长安，也许还会有生的希望，请将军三思。”
郭汜道，“文台之言极是，如此坐以待毙，我们不如奋起一击，到那时如果失败了我们再逃也不迟。”
几个人一致赞同，于是写信给在陕西驻军的牛辅，要他做先驱发兵长安，接着写檄文到各地，声称王允要来雍凉屠城，一时间便聚招兵马十数万，加上先前的兵马共计二十余万，浩浩荡荡，杀奔长安而来！