他们得到钱之后，并没有改良农业兴修水利，而是单纯的购买土地和外国奢侈品。最终导致埃及千年的水利灌溉工程，变成了泛滥的洪灾。
养育了古埃及文明的尼罗河三角洲，只剩下一半多一点还能耕种。农产品的产量更是只有古代的四分之一。粮食匮乏，瘟疫不断。
奥斯曼人和马穆鲁克贵族的根本不在乎埃及人的死活，他们只想钱和粮食而已。
手工业的遭遇也差不多。奥斯曼贵族和马穆鲁克们巧立名目，对所有行业都苛以重税，甚至直接栽赃嫁祸，抄家灭门。
但随着奥斯曼帝国的衰落，商人的地位提高商业不断发展，最终也诞生了早期的手工工场。只不过规模有限，并没有形成足够改变国家的新阶级。
对于阿里来说马穆鲁克的势力并未被完全消灭，英法都对埃及虎视眈眈，奥斯曼更是以埃及的宗主国自居。
阿里上台的第一时间就废除了包税制度。但是经历了拿破仑战争，之后又是数年的独立战争，农田荒芜，河道淤塞，经济落后，民不聊生。仅仅是废除保税制还不够，他开始从过去的盟友和敌对的马穆鲁克手中夺取土地。
先是利用严刑峻法和军事行动，削弱宗教和马穆鲁克的力量。他假意和马穆鲁克和谈，以阅兵为名邀请马穆鲁克上层人物参加。
这些马穆鲁克为了显示自己的力量带了大量的仪仗和卫队前来赴会。
在阅兵仪式上，毫无防备的马穆鲁克在走过一段两边是石磊高墙，前面是下坡石阶的道路时阿里一声令下，早就埋伏好的阿尔巴尼亚军团将无数巨石推下墙头。巨石在狭窄的通道内滚动，滚下石阶时带过一条条触目惊心的血迹。
然而马穆鲁克们还没有从巨石翻滚的惊魂中回过来，前后都出现了阿里的士兵。士兵们向着狭窄的通道内一齐射击，没有掩体的马穆鲁克们无法抵抗前、后、上三个方向的攻击。
残存的马穆鲁克只能，不计代价的向外突围。据说有一位马穆鲁克成功突围，把消息带给了其他马穆鲁克。但是阿里并没有给他们继续苟延残喘的机会，直接下令在全国范围内捕杀马穆鲁克成员。
经过一年的血腥镇压，马穆鲁克终于彻底退出历史舞台。
阿里在获得了马穆鲁克的土地后，采取了轻徭薄赋，兴修水利，鼓励农耕的政策，还用手中的土地分给他的亲信，让他们成为这个国家的新贵族。阿里本人一跃成为了埃及最大的地主。
阿里清楚自己和西方的差距，发展农业的同时也重视工业发展。他先后投资建设了纺织场、制糖场、造纸厂。制革厂、染料厂等一共二十九家民用工厂，工人人数达到三万。
军人出身的他，特别重视军工工业，效仿建立了枪炮工厂、火药工厂和造船厂。这些工厂都牢牢控制在阿里手中，聘请英法专家作为顾问。
他还建立了部分商品国家垄断专营制度，增加了税收。他还出资建立大学和医院，向欧洲派出留学生，其中绝大多数去了法国。
鉴于阿尔巴尼亚军团在剿灭马穆鲁克时的糟糕表现，他决定编练新军。并且废除了雇佣兵役制，实行征兵制，还计划建立一支强大的海军以对抗英法。