埃及成立了埃及长老会。提出未经长老会的许可不得征收赋税，奥斯曼军队滚出开罗。
胡尔西帕夏自然难以接受，于是调集军队试图镇压起义。
埃及人在城市中筑起街垒，双方僵持了数天。长老会突然宣布罢黜胡尔西帕夏，拥立阿里为总督。胡尔西调回的救兵顷刻之间成了自己的催命符。
阿里的军队如英雄凯旋般进入了城市，他在广场上宣布“奉公守法，绝不横征暴敛，尊重长老会。如违此誓，人神共诛。”
胡尔西一面固守山上的城堡，一面求苏丹继续派兵增援埃及。但是起义很快从开罗发展到埃及各地，起义军人数飞速增加，多次击退奥斯曼人的进攻。
然而阿里还有杀手锏，他派人带重金去伊斯坦波尔到处贿赂奥斯曼高管。最终奥斯曼苏丹决定上承天意，下顺民心，封阿里为埃及总督。自此埃及和塞尔维亚公国一样，在实际上获得了独立。
然而让阿里摘了桃子的英法是不可能，善罢甘休的。埃勒菲和巴蒂尔两大马穆鲁克的残余势力，都得到了外国势力的支持。
埃勒菲更是法尤姆聚集了数千士兵，巴蒂尔也组织了地方武装。在英国人的支持下埃勒菲重返埃及中心地带。并且英国人说服苏丹废除阿里，任命埃勒菲为总督，每年向苏丹纳贡8000英镑。
苏丹对于两面三刀的阿里同样没有好感，下令废黜阿里，任命埃勒菲，并且派出了一支三千人的军队配合埃勒菲。此时的埃勒菲已经有7000部队，其中600名骑兵。
阿里知道自己是不可能战胜英国和苏丹联手的，所以他假意接受苏丹的命令。同时积极备战，一方面让长老会联名上书求情。一方面玩弄权术迎回了巴蒂尔派并且告诉巴蒂尔自己是被逼迫的，埃勒菲才是他们共同的敌人。
巴蒂尔派与埃勒菲派本就不和，同时英法矛盾上升双方互不相让，内斗之后实力大减。
阿里还有最后的绝招，那就是继续行贿。可能连阿里本人都没想到，他派去行贿的使者在伊斯坦波尔受到了热烈欢迎，各路高官纷纷表示愿意帮忙。奥斯曼官员的腐败，远远超过苏丹的想象。
大量的奥斯曼官员接受贿赂为阿里求情，甚至克扣远征军的补给致使奥斯曼人兵无战心。
阿里在国内调兵遣将准备与埃勒菲一决雌雄。可是他手下的阿尔巴尼亚军团，早就不是当初那只能同法国人作战的勇猛之师了。
阿里本人醉心权术，军队也习惯了这种日子，缺乏训练贪生怕死，结果就是面对埃勒菲的军队一触即溃。
关键时刻，是胡达尔的民兵挡住了埃勒菲的进攻。埃勒菲围困胡达尔城两个多月都没有将它拿下，给了阿里的军团喘息之机。重整旗鼓的阿尔巴尼亚军团从后方进攻埃勒菲解了胡达尔之围。
胡达尔之战，让埃勒菲名誉扫地。同时阿里的计划取得了极大的成功。在金钱的诱惑下，奥斯曼苏丹改变了主意，决定让阿里继续担任总督，但是每年要纳贡三万英镑，并且要将他的长子送到伊斯坦布尔做人质。
埃勒菲在资金耗尽之后，不得不解散自己的部队独自逃亡。巴蒂尔也在和埃勒菲争斗的过程中损失惨重，无力再与阿里争夺埃及的控制权。