医学中专现在分为传统医学和新式医学，这里没有西医的概念。新式医学经历了两年的发展已经能实施一些简单的外科手术工作了，因为矿场、河南修堤坝都是高风险作业，时常会发生一些事故，本着死马当活马医的态度，新式医学有了实际练手的机会，虽然在动物和死人尸体上动过手术，但毕竟还是有差异。
对于从事新式医学的大夫，秦睿的态度和要求就是积极实践，总结经验；对于传统医学的大夫，秦睿则提出了“去芜存菁，推陈出新”的口号，利用自己超前的见识，将一些基础的听诊器、显微镜、消毒药水、生理盐水、青霉素、青蒿素、细菌概念等引入到现有体系。去年夏天，秦睿的青蒿素终于找到实验对象了，并且取得了很好的效果，这让秦睿很好高兴。疟疾这一重大课题算是有了结果。
至于医学能发展到什么程度，秦睿也管不到了，扶上马送一程，给一些建议和意见，这就是秦睿的态度。
秦睿在化学院列出了几十个课题，然后跟学生们从理论上讲解了实验方法，然后让他们自由组团，开始进行实验。主要方向是硅酸盐、乙炔、石油（猛火油）、溴化银。溴化银是秦睿的执念，为了记录秦宓和秦晧成长，他想把照相机给搞出来。
秦睿再次叮嘱了化学实验的注意事项和安全内容后，自己带着小白、小蝶、吴二、魏涛等人出发去了北京，一路上小心翼翼的押送着1800支步枪、100支左轮、50万发子弹和几千发手榴弹、地雷，秦睿决定去搞大事。
到达北京后，秦睿先将朱厚照叫了出来，让他亲自出面，将步枪、子弹、手榴弹、地雷送到了何刚的千户所，自己到千户所利用自己有限的军事知识，进行现场教学指导工作。
手枪则被送进大内，开始装备弘治皇帝的禁卫军，当然从心腹开始，朱厚照自己留了20支，准备练练手。跟随手枪送入大内的还有秦睿的一封信，请求将何刚千户扩充成独立团，并派出一支小队到草原上溜达溜达，为大明军校建设和军制改革做准备。
弘治皇帝看到信后大为惊讶，在新年之前，秦睿将《大明军事学院建设的建议与纲要》送到弘治皇帝御前，弘治皇帝读后与五军都督府的主要负责人进行了数次讨论，才达成共识。现在秦睿居然提出军制改革，这不是又准备捅马蜂窝。
因为建设军事学院这是等于刨了勋贵们的祖坟，动了军队将领的蛋糕，朱元璋当年定下军户制之后，勋贵是世袭的，军队的指挥使、指挥同知、指挥佥事、卫镇抚、正千户、副千户、百户、试百户、所镇抚九级职位也是世袭的，父死子继，兄终弟及。
建设军校，以后所有的军官都是从军校里面出来，就将父死子继、兄终弟及的传统给取消了，都是既得利益群体，吃空饷、喝兵血、士兵私有化这些好处，怎么能轻易放弃。
弘治皇帝如果敢动这群人的利益，当天晚上就会领盒饭，护卫紫禁城安全的核心力量，就是这群勋贵和世袭的子弟，随便漏一两个贼人进来，就能灭了弘治皇帝。弘治没有明太祖朱元璋和明成祖朱棣那样的威望，还达不到一言以决之的权威，最后以勋贵、世袭子弟轮岗培训，双方才达成一致，违背了秦睿建设军校的初衷。
秦睿被紧急招入紫禁城，在暖阁内和弘治皇帝密议了很久，没有人知道两人说了什么。
皇帝想要建立军校，培训五军都督府的大明武官，增强大明武官在朝廷的地位，这个消息不知道从哪里泄露了出去，在北京城中慢慢的流传开来。