经过大朝会的廷论后，明朝官场和士林间对体制改革和科举改革逐渐达成统一认识，朱厚照和内阁商议后，决定进一步推行体制改革。内阁更名为政务院，内阁首辅刘大夏为政务院院长，其余八人均为政务院副院长。撤销原六部及一应院司，重新设立各部，朱厚照参照后世，采取修改撤销合并等方式，共设立了十余个部，分别如下：吏部更名为人力资源部、户部更名为财政部、礼部更名为教育部、商部更名为商务部、税部更名为税务总署，刑部更名为刑侦部、工部更名为科技部、鸿胪寺更名为外交部、大理寺更名为司法部、都察院更名为监察部。
新增国家安全部、交通部、教育部、民生部、自然资源部、水利部、卫生部、廉政署、审计署。原内阁成员不再担任各部具体职务，只负责管辖，其中人力资源部、司法部、监察部、廉政署、审计署为独立部门，由皇帝朱厚照亲自管辖。修改原有职位品级，更名为院级、部级（署级）、府级（司级）、县级（局级）、吏级。吏员分为三级，所有官员必须从一级吏员做起。
政务院成员属于朝廷最高职级，撤销原各部职级称谓，尚书改部长，侍郎更名为司长，以此类推。撤销原省一级行政机构承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司，更名为省府，最高长官为省长（部级），副省长（副部级）八人，分别管辖不同的政务部门；参照朝廷各部设立对应的部门。
兵部改组为军务院，杨一清为第一任军务院院长，下设总参谋部、总装备部、总后勤部、总训练部、军情部和八大战区，军情部由锦衣卫改制而来，西山战区更名为北平战区，负责京城和京畿之地；辽东战区负责京城以北（现东北地区）；山东战区负责山东、山西、河南；南京战区负责南京、浙江、江西、湖广；四川战区负责四川、陕西及西部，广东战区负责广东、广西、福建、海南；云南战区负责云南、贵州。
每个战区按照军务院架构设置参谋部、装备部、后勤部、训练部，设司令一人；按照作战所需设立相应的作战部队，以师为单位。朱厚照作为一国之君，自然是最高统帅，但朱厚照很清楚若是大权总揽，会导致大臣不满，到时候又会出现皇权和臣权之争，所以他选择了放权，政务院具有最高行政权，朱厚照负责立法权和军权。
梳理完体制改革后，从京师到地方开始进行轰轰烈烈的改革，科技改革开始以北方为试点，三年后推行全国。成立西山学院，为大明朝第一所高级学院，学院依旧设立在西山，西山衙署专门划分了一百亩地供学院使用，现在正在交由西山建筑建设，学院现阶段设立了数学、物理、化学、农业等分院。
朱厚照心里核算着，再有差不多五年时间应该有不少的学生踏入西山学院学习研究，到时候才是明朝开始发力的时刻，自己是不是挂个
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学院的院长名分呢？朱厚照想了想，随后又放弃了这个年头，现在由于朝廷从上到下的改革，朱厚照每天愈加繁忙，除了处理政务，朱厚照每天还坚持编写高等数学、物理、化学等高级教材，每天忙得不可开交，五年后估计会更忙，到时应该收复日本了吧？
朝鲜王宫旁边的军营校场，王守仁看着眼前瘦弱的朝鲜士兵，站姿勉强还过得去，朝鲜士兵对于明朝官兵的到来没有什么排外的情绪，反倒是朝鲜军队的将军颇有不满，言辞之间充满敌意。
王守仁当即宣布：“从今天起，明朝将在朝鲜设立朝鲜战区，任命本人为朝鲜战区的最高指挥使，由本人负责朝鲜战区所有军队的训练和作战。为了增加你们的作战能力，所以在未来一个月内，将由我们对你们进行训练，训练结束进行考核，如果考核不过关就会被淘汰，发放退伍军饷；如果考核过关就列入明朝军队，每个月军饷按照明朝士兵执行，由明朝负责军饷的发放”。
朝鲜士兵本来挺没有精神的，一听到以后将由明朝发放军饷，全都喜形于色。在朝鲜当兵三餐都吃不饱，加上层层盘剥，到手的军饷不过区区一两银子。王守仁示意传令官挥动令旗，从京城来的三千士兵整齐划一的喊着口号走进校场，个个士兵身材壮实，站姿挺拔，精气神与朝鲜士兵形成鲜明的对比，从朝鲜士兵的眼中，投射出羡慕的目光。
王守仁转身对朝鲜的将军说：“朝鲜军队上下都要重新整编，你们也要参加训练，不达标就自己退伍，军队不养闲人”。
那些将军脸色更为难堪，开什么玩笑，让我等和那些下等士兵一起训练，我们还要不要脸啊，其中一位将军走出来说：“王将军，请恕末将无法答应”。
王守仁问道：“为何？因为你们是有身份的将军”？