随着时间的流逝，宇智波与村子的矛盾愈发尖锐。
而他也由于加入暗部后而表现出来的出色才能，被调到了志村团藏所率领的“根”。
在这期间，他不但承担着宇智波一族与村子沟通的桥梁，更是作为木叶和宇智波的双重间谍而往来于两者之间。
终于，到了一族即将发动政变的日子。
宇智波止水，外号“瞬身止水”，被无数人誉为一族的最强者。
即使是天才如鼬也比不过他的风头。
他是族人发动政变的巨大依仗，可大家不知道的是，止水并不想让一族走上这条路。
他的万花筒写轮眼，有着“别天神”这一最强幻术。
只要施展别天神，就能永久改变人的意志。
他已经做好了在最危急的时刻使用别天神催眠宇智波富岳的准备。
可谁知，志村团藏居然使用卑鄙的手段，夺去了止水的右眼。
止水终于意识到，即使他使用别天神改变宇智波富岳的意志，一族和村子的矛盾也不会消减。
于是他找到了鼬，将左眼托付给鼬，随后便跳崖自杀了。
鼬失去了这世上最后一个好友，村子，一族，朋友，处在旋涡中的他感受到了巨大的悲痛，觉醒了万花筒写轮眼。
而失去了止水这一强大战力，宇智波元气大伤，压住了反叛的心思。
但随着而来的，是无数人对鼬的怀疑。
他们怀疑鼬是村子的间谍，是鼬杀死了止水。
在这样压抑的生活下，鼬又度过了两年。
他的万花筒不再是一个秘密，而被村子的许多高层所熟知，同时，他的父亲，宇智波富岳也知道了这件事。
宇智波又蠢蠢欲动起来。
父亲找到了他单独谈话，想让他帮助一族发动政变。
他犹豫着，不知道该帮助村子还是帮助家族。
最终，到了面临选择的那一天。
他见到了宇智波泉，见到了佐助，他又想起了那个温柔的下午。
这让他下定了决心。
这次，他要站在家族这边。
他和父亲联手，一同发动政变，两双万花筒的威力是常人难以匹敌的。
但谁知，村子早有准备。
日向家的白眼、猪鹿蝶的完美配合、油女一族无孔不入的虫子...
村子的底蕴远比他们想的要深。
除了能展开须佐能乎的宇智波鼬和富岳和宇智波富岳，其他人都死在了这场动乱里。
宇智波鼬在无数木叶忍者的围攻下力竭。
亲人朋友的尸体摆在四周，他的眼神没有了光。
“如果这是一场梦就好了...”
尖刀刺入的他五脏，将他整个人支起来。
一切都结束了。
可忽然，他眼前的光景再度一变。
“这里是？”他迷茫地看着自己的手。
这双手显得十分稚嫩，估计连一个成年人的脖子都不能攥住。
“终于醒了啊，先好好调整一下吧。”一个女声传入耳中，“本来只是想让你看一场电影的，可没想到术式和你的瞳术发生了这么奇妙的变化，写轮眼这玩意果然是个好东西。”